Hola /lnkx/ y bienvenido al foro.
En cuanto a lo del usuario, bueno, en principio deberías hacerlo con un usuario sin privilegios, como el lfs, pero sino, puedes usar root (para instalar, por ejemplo) siempre y cuando tengas cuidado, ya que root podría borrar o modificar cosas importantes.
Por otro lado, en cuanto a lo que comentas de los directorios, tu deberías tener todos los paquetes en
$LFS/sources que debería ser lo mismo que
/mnt/lfs/sources. Puedes comprobarlo así:
echo "$LFS/sources"
y deberás ver
/mnt/lfs/sources, si no lo ves, haz lo siguiente:
export LFS=/mnt/lfs
Ahora bien, para ejecutar los comandos, el libro da por hecho que ya has descomprimido el tarball que toca y que estás en el directorio que creó. Es decir, antes de ejecutar los comandos deberías hacer (en el caso de binutils) lo siguiente:
tar xvf binutils-2.17.tar.gz
cd binutils-2.17
y ahora ya los comandos que te den.
Espero haberte ayudado, cualquier cosa comentalo

Un saludo!